中兽医理论包括阴阳五行学说、脏腑学说、经络学说、病因病理学说、四诊八纲和辨证学说，治疗法则、药性和炮制理论、选药组方原则、中草药饲料添加剂理论、针灸作用原理和病症防治理论，以及兽医学免疫理论等。
一、中药的特性包括四气、五味、升降沉浮，这三大特性也可以采用阴阳学说理论做一区分。
1、四气（也称为“四性”），具有寒、热、温、凉四性，寒凉性中药属阴，温热性中药属阳；
2、五味具有辛、甘、酸、苦、咸五味，酸苦咸属阴，辛甘属阳；
3、四气与五味相比，四气属阳、五味属阴；
4、在升降沉浮中，升浮属阳，沉降属阴。
清楚了药物的阴阳属性，在调整动物机体的阴阳时，做好补偏救弊，就能较为灵活运用各种药材进行加减组方。例如：猪的瘟热性疾病的病初期多为阳盛的热证，高热期间选用清凉的药物以清热；秋冬寒凉季节风寒感冒多为阴盛的寒证，就选用温热的药物祛寒。阴虚的虚热证多选用凉血滋补的药物达到滋阴；阳虚的虚寒证就选用温热性药物达到补阳。
二、中草药，取自于自然界的植物、动物、矿物，以自然炮制法（水、火），保持了它们的自然结构和活性，并以君臣佐使的组方原则，使各个药物联为一体，发挥整体复合作用，最后达到驱除病邪，恢复健康（正气）的目的。中草药是一类经人、动物长期筛选而保留下来的具特殊功能作用的食物（药食同源），也是自然界的精华物质。它们在中国物性理论——阴阳（寒热）、五行（辛、酸、咸、苦、甘五味）的指导下用于防治疾病，成为存天然的药物。中草药与化学合成药（以下简称西药）比较，具有以下显著的特点：
1．自然性
取自自然，经自然炮制，保持了自然结构和活性。同时，它们是一类特殊功能的食物，人、动物体最易消化吸收的自然物。
2．多功能性
西药是单一结构的化学物，只产生一种作用。而每一味中药，是一个多结构成分（有的含数十至百种以上的成分）有机复合体，能起多种作用和复合作用，如山楂，就有70余种成分，可产生助消化吸收，治肝病，强心，补血等作用。
3．无残留毒副性
中草药是一类具特殊功效的食物，并经人、动物长期筛选而保留下来的天然有机物，人和动物体内有使其分解代谢的酶，故能行正常的吸收、分解、排泄。西药，是人为制造的物质，其中有的物质在人、动物体内没有分辩或降解它们的酶存在，故易残留，并能产生毒副作用。现已发现有1000多种化学合成物质致癌；有数十种农药（化学物）在水、土、空气中长期残留，并对人、动物产生毒副作用，也是因为自然界中没有能降解、转化它们的酶和机制 。
此外，中草药还经自然炮制去毒，用组方佐使相配、相杀、相畏配合；而去毒，则使有毒成分不能产生毒副作用，故说中草药无毒副作用。
4．不致使微生物产生抗药性
细菌和病毒等寄生物，它们是一类结构简单的低等生物，也是自然界最具适应变异的生物。它们具有强大的变异结构和代谢方式。而现用的抗微生物化药，大多作用结构和作用途径单一，并在微生物变异能力之内，因而多次接触后，微生物产生抗药性，并经过抗药基因遗传下去，而产生新的抗药种群，使人类防治疾病出现困境。中草药，以多功能和调动机体一切抗病因素，即非特异免疫因素（白细胞吞噬作用，溶菌素、酶、杀菌素、干扰素、补体等），全方位对微生物进行灭杀，使之无力适应变异，故不能产生抗药性。上述中草药的非特异免疫作用提示我们在筛选中药的抗微生物作用是，不能将体外试管抗菌作用作为唯一判定指标。
5．双向调节和适应原样作用
双向调节作用，是指一味中药对同一脏腑的不同状态（生理和病理，兴奋和抑制）均可进行调整的作用，即在亢进时可调节降至正常态，又可在抑制时增进其功能至正常态的双向调节作用。如当归，其本身含有兴奋和抑制子宫肌的两种成分，可对子宫肌进行双向调节。此外，麦冬、生地、玄参等均有双向调节作用。
适应原样作用，是指中药能使动物在恶劣环境出现的生理功能障碍得到调节，并使之朝着有利于机体的方向进行和不断增强适应能力的作用。如刺五加、人参、黄芪 、党参、甘草等均有适应原样作用。它们均可用于防止应激影响和防治应激综合症。
6．激素样作用
激素，是一类对动物进行平衡调整的微量生物活性物质。畜牧生产中曾以外源激素来增加繁殖力和增重催肥，曾取得良效。但因其残留毒副作用和影响食用此类畜产品的人体健康，而被淘汰或禁用。中草药本身不是激素，但可起到激素样的作用，且无外源激素的残留毒副作用，因而倍受重视。具有激素样作用的中草药，如甘草、香附、蛇床子、淫羊藿、吴荜萸、水牛角、枸杞子等。
7．调节免疫功能作用
中兽医学指的正气，实际就是指机体的免疫功能。经现代对中草药的药理研究证明，补气中草药多有增强机体免疫功能作用，如黄芪、党参、大黄等；而玄参、何首乌、黄芪、龟板等则具有调节免疫作用，可以免疫调节剂。
这就是《内经》指出“寒者热之，热者寒之；盛者泻之，虚者补之”的原则。在兽医临床上用药物的阴阳特性，采取“损其有余，补其不足”的方法来调整动物机体的阴阳之偏，以达到治疗疾病的目的。
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