辨证论治作为临床的操作体系，是理论用诸于实践的过程。临床疗效取决于医生辨证论治的水平，辨证论治水平的高低又是医生的理论功底、临床经验、思维感悟和文化素养等方面因素综合运用的结果。从学术而言，辨证论治有三种境界。
第一境界是“法式检押，对号入座”，即是把病人的病情和临床规范相比较，对号入座，看与孰相应，就从其证的范式名证，立法，处方。如病人有脉浮，头项强痛，恶寒者，与《伤寒论》首条“太阳之为病，脉浮，头项强痛而恶寒”相一致，就可判为太阳病，以辛温解表法治之。《灵枢?逆顺肥瘦》对这种辨证模式进行了概括，说：“圣人之为道者，上合于天，下合于地，中合于人事，必有明法，以起度数，法式检押，乃后可传焉。”这里所说的“法式”即是规范，“检押”即是核对、对号。被习用的辨证论治范式主要是经典著作、名家医案及论述、教材和国家及学术团体公布的医疗规范。利用规范进行辨证论治具有易用性，便于掌握，但有时却疗效不显，究其原因多与方药应用不当有关。一种是“有方无药”，《本草衍义》说：“方可持者药也”，虽是运用成方，但药物用量不足，亦是达不到预期效果。如补阳还五汤之黄芪得用到120g才行，又如泻心汤大黄得用到30g才见功效。另一种情况是“有药无方”，处方之药全合证候，药量也不轻，但各药之间全无组织，不分君臣佐使，是“凑合方”，也往往无效。可见，用药规律也是治疗有效的关键。
第二境界是“圆机活法，医者意也”，乃是对常规模式的突破。徐灵胎在《伤寒论类方?自序》中说：“方之治病有定，而病之变迁无定，知其一定之治，随其病之千变万化，而应用不爽。”正因为疾病有不确定性，才需要辨证论治。对病证，不仅需要从一切方面、一切联系和相关因素进行本质辨证，还要发挥医生思维的能动性，古人称之为悟性，在没有规范可循的时候，以己之意，通古人之意，切合医理，作出证候的判别或活用治法，以用意之奇、方药之巧而获取疗效。古代医家把这种治法的活用称为“法无定法”或“圆机活法”，《素问?至著教论》称之为“愈悦意而已”，《灵枢?九针十二原》言此为“以意和之”，即后世医家所崇尚的“医者意也”。这是对“有是证，用是方”的突破，以治法方药的活用，解决“古方新证，安能相值”（朱丹溪语）的问题。
第三境界是“非法为法，协辨开新”。《素问?天元纪大论》言道：“神用无方谓之圣。”达到此等境界的人，在辨证论治时，能敏锐地捕捉病证的要害而直指病机，突破“因名识病，因病识证”（朱肱语），压缩思维程序而察脉证之真，从标志性的症状体征就能“但见一证便是”，突破四诊合参，从病证的关键点上执简驭繁，以“不辨”为辨。在运用治法时，如释家之言“非法法也”，以“非法”为最高境界；或如王应震所言“见痰休治痰”；或如徐灵胎之“用药如用兵”，以“一病而分治之”，设计套路，先引病邪入彀中，以次除之；或上工治未病，能“因象识变，见微知著”，治未发、治萌芽、防传变。在临证中，“不治之治，见症求本”者亦属上工。特别是能够升华古今辨证论治理论而有创新者最可贵，此等协辨开新乃是创新，是认识的最高本质。例如有人读习《伤寒论》97条，以“休作有时”为小柴胡汤证之“方眼”，又据此把小柴胡汤发挥用以治过敏性疾患，之后在临证中对该方施以创造性筛选，研制了抗过敏的新方，使治一证之方发展为治一类病的新方，此等协辨开新当是辨证论治更高层次。如果说“法式检押，对号入座”是必然王国的界域，那么，能够达到“圆机活法，医者意也”者，已步入到自由王国的界域了，而“非法为法，协辨开新”者，已登入创新王国的门庭了。
