家禽免疫系统，由免疫器官和免疫细胞组成。
【免疫器官】
中枢免疫器官（一级免疫器官）包括骨髓、法氏囊和胸腺；外周免疫器官（二级免疫器官）包括脾脏和淋巴组织。“中枢”与“外周”是指功能的分别。
1、骨髓 是造血器官，也是重要的免疫器官。骨髓能产生一种特殊的细胞，叫“多功能干细胞”（图一），它随血液运行到机体不同部位，就分化为不同的免疫细胞，例如运行到法氏囊就分化演变为B淋巴细胞，运行到胸腺就分化演变为T淋巴细胞，体内所有一切免疫细胞均由它分化而成。此外，骨髓本身也是多功能干细胞分化为某些免疫细胞的场所。
2、法氏囊 是禽类特有的免疫器官，位于泄殖腔（直肠末端）上方，鸡的呈梨形，鸭的呈筒形。囊内壁有许多皱褶，囊腔基底部有一很细的短管与泄殖腔相通。鸡的法氏囊在3周龄约有豌豆大，4月龄达最大，约有小葡萄大；鸭的法氏囊在3月龄达最大，约如铅笔粗，2厘米长。家禽性成熟后，法氏囊逐渐退化。
由骨髓提供的多功能干细胞在法氏囊分化成熟为B淋巴细胞，简称B细胞，它们大部分转移到脾脏等二级免疫器官储存。B细胞受到病毒、细菌等抗原的刺激，即作出一系列免疫应答，最后生成特异抗体。法氏囊的主要功用在于产生B细胞，抗体则大部分在二级免疫器官生成，仅有少部分在法氏囊生成。
3、胸腺 位于颈部两侧皮下，鸡每侧7叶，鸭每侧5叶，各叶约如小扁豆，连成链状，肉红色或微黄。家禽性成熟后，胸腺退化，仅留残迹。
来自骨髓的多功能干细胞在胸腺分化成熟为T淋巴细胞，简称T细胞，其中大部分也是转移到脾脏等二级免疫器官储存。当某种抗原进入机体时，一般来说T细胞与B细胞同时做出免疫应答，B细胞应答产物是特异抗体，T细胞应答产物是效应细胞，两者相辅相成，共同消灭抗原。由于T细胞大部分在脾脏等二级免疫器官储存，效应细胞也就主要在二级免疫器官生成。
4、脾脏 位于腺胃右上方，成年家禽的脾脏约有白果大，呈棕红色，鸡的近于球形，鸭的略呈立体三角形。脾脏内有来自法氏囊的B细胞和来自胸腺的T细胞，是免疫应答的重要场所，也是产生抗体和效应细胞的重要场所。
5、淋巴组织 肉眼明显可见的只有盲肠扁桃体，此外许多器官的粘膜层均有弥散性淋巴组织，眼部的哈德氏腺淋巴组织最为丰富。
盲肠扁桃体位于盲肠起始端粘膜下层，两侧各一个，从肠外可见该部稍膨大，剪开肠壁可见它比麦粒大些，表面呈鱼子状，正常为黄白色。盲肠扁桃体是免疫应答的较重要的场所，主要在消化道起局部免疫作用。。
哈德氏腺又称副泪腺，在眼眶内眼球下方，呈带状，肉红色。它是眼球的辅助器官，是眼的一部分，本身不属于免疫器官，但其中弥散性淋巴组织特别丰富，免疫应答水平较高，在颜面部和上呼吸道起局部免疫作用。
在呼吸、消化等器官的粘膜层，都广泛分布弥散性淋巴组织，它们与粘膜融合，肉眼看不到，其免疫应答产物具有局部免疫作用，是机体重要的防御屏障。
【免疫细胞】
所有参加免疫应答以及与之有关的细胞都成为免疫细胞，分为淋巴细胞、单核吞噬细胞和粒细胞三类，具体名称比较多，这里择要介绍。
淋巴细胞包括上述B细胞和T细胞，此外还包括两种杀伤细胞，即K细胞和NK细胞，它们能杀伤感染病毒的细胞和肿瘤细胞。
单核吞噬细胞主要包括巨噬细胞和树突状细胞。巨噬细胞非常重要，它对病毒、细菌等微生物不仅有强大的捕获吞噬能力，而且捕获之后即对其抗原部分加工处理，使抗原性增强，然后呈送给B细胞与T细胞，从而启动免疫应答。树突状细胞也是一种抗原呈送细胞，当某种抗原第二次进入机体时，该细胞可使其刺激免疫应答。
粒细胞又有嗜酸性、嗜中性、嗜碱性的分别，都具有吞噬微生物的作用。
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