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由于广泛持续地使用法氏囊活毒疫苗和灭活油乳疫苗免疫，目前，在养鸡生产实践中，法氏囊病已经不是上世纪八九十年代那样呈区域的大面积流行了，其特征已呈由爆发型趋向温和化及小区域散发。由此引起的免疫抑制的危害已经超过以前的高死亡率，高废弃率。与此同时，人们对法氏囊病的免疫也产生了普通的麻痹意识和僵化教条式思维；以为免疫程序是固定不变的，只要按固有的程序做苗，总能防住发病，如防不住那是疫苗毒力不强或者认为免疫的日龄可以任意提前或推后，上批鸡做苗发病了，这批鸡就提前做或者加大免疫剂量或者增加免疫次数，实在是防不住了，还可以配上干扰素和针对性药物。
由于本病的自然归转期短（仅一周），一过性明显，与众多的难缠棘手传染病相比，算是“轻型”病毒病了，另一方面，在一些肉鸡养殖密集区和新兴养殖区，法氏囊病又频频发生，无论做不做苗，批批都闹，使得一些养殖户对疫苗免疫失去信心，有的索性就放弃法氏囊免疫了，认为搞与不搞免疫都一样，都要发病，而发病就以打卵黄抗体来对付，以至一个饲养周期要打4-5次之多。这样做的消极后果是不能忽视的，首先是卵黄抗体的质量是否能保证？
有些低劣的卵抗含有大量杂菌、霉菌，如支原体、大肠杆菌、附着霉菌，鸡体注入此类卵抗后，很容易继发细菌病或霉菌病。有的卵抗在制作过程中，为了杀菌，可能兑入大剂量的庆大等抗生素，给鸡群使用后会加剧肾肿，而法氏囊病本身又恰恰是肾损伤病，以至形成肾衰。再者，一般地说，使用卵抗在发病初期管用，中后期则不理想，卵抗实质上是一种人工抗体，注入体内后5-7天即告消失，这就需要及时补免或是重复卵抗注入，一旦时间差掌握失误，发病的风险仍很大。这种守株待兔式的依靠高免卵黄抗体来应对的办法，更加深了人们对法氏囊免疫的认知误区。于是原本简明的法氏囊免疫呈现了复杂多变趋势：
“免疫是必然要做的，效果好坏是程序设的，发病和危害不知哪里错的，实在不行卵抗打挨个的，年复一年也就这么过的。”
法氏囊病之所以变的让人不知所措，很大一部分原因是在于免疫不当，也就是免疫的三个要点相互匹配不当。众所周知，动物免疫的三个要点即体内抗体水平，免疫时间。疫苗毒力这三者之间有一个动态的衔接平衡，这在针对法氏囊病的免疫中尤为重要。
笔者认为，在防控法氏囊病的实践中，人们应当形成这样的认识：即疫苗免疫是最简明有效的方法，而免疫的成功与否很大程度上是取决于对疫苗的选择和使用，而对疫苗的选择和使用又在很大程度上依托于对雏鸡体内抗体水平的估计与免疫时间的确定。这里有必要重申母源抗体的重要性；父母代种鸡将保护性抗体传递给其子代雏鸡，由于这种“遗传”的抗体的存在，使雏鸡在早期免遭野毒攻击而发病，但问题是，对于众多养殖户来说，母源抗体始终是个未知数。
这是因为，父母代种鸡在开产前接种法氏囊灭活疫苗后，体内所形成的抗体并不能一直保持高而持久的水平，它是受多种因素影响而变化的，因此有必要在种鸡的38周龄至42周龄再进行一次法氏囊灭活疫苗的强化免疫，其目的是使种鸡体内保持旺盛的高水平的抗体传递能力，给子代雏鸡以足够的天然免疫力。有些种鸡场为了降低生产成本，往往延长甚至不做这种巩固性免疫，这样，同一批种鸡的子代雏鸡，往往随着其父母代日龄的增大，母源抗体水平会一批比一批降低，又由于同一种鸡场里供种鸡群存在周龄差异和体况差异。各栋鸡群所供种蛋是混合入孵的，若再有外购种蛋混入，则会导致同一批次孵化雏鸡的母源抗体水平有较大差异，也就是说，养殖户饲养的同一群雏鸡里，母源抗体的峰值大小与衰弱程度各不相同。这样一来，种鸡孵化场所提供的免疫程序表就不能准确覆盖所有雏鸡，养殖户也就很难选择正确的免疫时间，致使免疫空白在全群中交错散布，导致免疫失败。在具备技术设备条件的大型种禽企业，测定父母代种鸡抗体或子代雏鸡母源抗体滴度并不难，可问题是，在我国农村养殖现状下，误差率会很高且难以普及开，这就引申出免疫时间的突出性。在母源抗体存在很大盲区的情况下，怎样确定免疫时间呢？时间过早，如1-3日龄，雏鸡免疫机能包括法氏囊在内都尚未发育健全，容易因强烈的被动免疫刺激而受到损伤，时间过晚，如3-4周龄以上，雏鸡母源抗体水平正下降至临界点以下，又恰逢高发病日龄，容易导致全群发病。有的时候，按理说常规不早也不晚，但雏群体内母源抗体水平偏高，此时的人工免疫作用又会被大量中和，两相抵消，形成低水平期以至空白期。也极易全群发病。按照理论推断，法氏囊母抗水平是随着雏鸡日龄的增长逐渐降低的，应该说，免疫越晚，疫苗越有机会起作用，但自然环境中野毒感染雏鸡发病是随时的，并不宽容人们的理想的那种时间段。因此，确定免疫时间，首先要了解种鸡的日龄与体况，种鸡场有义务依据自己供种鸡群的实况，向下游用户提供相应的可调整的免疫程序表，作为养殖户也应有这方面的知情权和维权意识。其次，要根据不同地区法氏囊病流行状况，由兽医主管部门或有技术设备条件的单位与个人，有选择地进行抗体水平抽检测定，发布权威信息，以为参考。再者，条件不具备的地区，在确定免疫程序时，要依据以往发病经验，取适中的日龄，例如，首免早不能早于5日龄，晚不能晚于15日龄，与其他免疫至少要间隔4-5天，但这些还不能保障免疫的成功，这就引申出了第三个要点：选择合适的疫苗毒力才是关键所在。
按国际兽医局的规定，法氏囊活疫苗分类为温和型、中等毒力型、中等偏强毒力型。
温和型疫苗的侵袭性最低，接种后不损伤法氏囊，即使用于没有母源的1日龄雏鸡也非常安全，对免疫力的产生没有不良影响，缺点是很容易被母抗中和。
中等偏强毒力型疫苗的毒力最强，能应用于受超强毒和强致病性变异株攻击的鸡群，能迅速突破高母抗体滴度不致被中和，刺激机体产生强被动免疫力，缺点是对法氏囊B细胞伤害力最强，还可致法氏囊和胸腺萎缩，引起强烈免疫抑制。
中等毒力型介于温和型与中等偏强毒力型之间，广泛应用于法氏囊发病不严重的地区。
关于毒力偏强的疫苗对法氏囊的伤害，笔者曾于山东经历了这样的病例，某肉鸡养殖区由多渠道引入雏鸡，免疫程序混乱，曾发生严重的法氏囊病，后根据一种鸡孵化场的要求统一由该场供鸡苗，按统一的免疫程序做疫苗，曾一度控制了法氏囊病的高发、频发，但一年总有一定的时间段集中发病，曾几度调整免疫程序仍不见好转，后经调研发现，这种情况是自首免疫苗由国产中等毒力型改为进口的中等偏强毒力型以后才普遍发生的，是按照首免5-7日龄使用中等偏强型，二免则使用温和型或中等型顺序做的，据此，笔者建议首免用温和型苗，二免才用中等毒力苗，三免使用中等偏强型苗。有人曾怀疑此方法的早期用苗，毒力偏弱，不足以抗住强毒攻击，但实践证明，早期用苗只要改饮水为滴鼻点眼，并把二免时间提前10-12日龄，集中发病的状况可得以有效的控制，从理论上分析，中等偏强毒力型疫苗对法氏囊及B细胞的侵害是很严重的，这在一周龄以内的幼雏早期更为显著，会造成法氏囊的永久性损伤和未成熟B细胞的变性或坏死，有时做苗后，法氏囊的轻度红肿无法消失，这样的法氏囊无法极好地合成凝集抗体和循环抗体，使细胞免疫和体液免疫受到严重抑制，对下次免疫的疫苗应答能力及对病原微生物的防御能力严重下降，而当2周龄后由于产生抗体的B淋巴细胞已大量成熟，并且大量转移到外周血液和其他淋巴器官中，此时，中强毒力型苗对整个免疫系统的负作用减弱，正作用增强，笔者认为在重疫区使用中等偏强毒力型苗的主要目的，是减少死亡，降低发病率，此目的收效后就应改为中等毒力型苗，笔者曾于黑龙江经历一病例，该地区的雏鸡多在10日龄左右，进行一次温和型疫苗免疫，在一些季节如发病率高，则将此次免疫提至3日龄，如仍不能奏效，则采用打卵抗的办法来应付，一年当中发病率和死亡率是很高的，经建议改为5日龄做一次温和型疫苗，14日龄做一次中等偏强毒力型疫苗，在法氏囊发病大为缓解后，14日龄的二免改为中等毒力型疫苗，以后该地区发病率明显下降。
如上所述，免疫日龄要依据疫苗毒力而定，可以这样比喻：母源抗体免疫日龄、疫苗毒力三者犹如一架轻巧的天枰，两端是母抗和日龄，中间支撑点是疫苗毒力，三者缺一不可，三者平衡，免疫才会成功。在流行病不太频繁和严重的地区，以常规的14日龄首免，21日龄二免，35日龄三免，首免宜用温和型苗，采用滴鼻点眼的方式，2-4倍量，0.5-1小时内用完，宁可重复，绝不漏免，二免和三免可选用中等毒力型苗，采用饮水方式，4-6倍量，1小时内饮完为宜，在流行发病严重的地区，可以1-5日龄用温和型疫苗或者以5日龄用中等毒力型疫苗来进行首免，在10-14日龄以中等偏强毒力型苗进行二免，三免可选用中等毒力型疫苗在23-28日龄之间进行，方式和剂量同上。这样做的依据是，首免先进中和母抗，时间早而又不损伤法氏囊，尽管会有全群抗体高低不齐，但因使用日龄早，人工被动免疫提前，先建立低水平的防御机制，之后，抢在高发病日龄前，以中等偏强毒力型苗给予强免并突破原有的抗体滴度，促使产生普遍的免疫应答，而此后，再以中等毒力型苗给予适中的补充和巩固，以达到全程防御的目的。
总之，法氏囊免疫没有各地都能通用的一成不变的经典程序，选用疫苗也并非毒力越强就越管用，随着诊疗技术的不断推陈出新，母源抗体也并非长久的存在不可知盲区，人们正逐渐加深对母抗、时间、疫苗毒力的认知，加之饲养管理的精细化程度提高，消毒，隔离措施的强化，法氏囊病是能够得到越来越有效的控制的
